既然是青島無菌室車間就要嚴格執行無菌操作的規范，防止微生物污染，比如說操作人員進入無菌車間之前要先關掉紫外燈。同時還要在青島無菌室車間中設置專門的無菌操作間和緩沖間，不管是潔凈度還是溫濕度，都要符合相應的要求。工作期間要使青島無菌室車間保持清潔，嚴禁堆放雜物以防污染，并且嚴防一切滅菌器材和培養基污染，對于已經受到污染的器材都要停止使用，以保證無菌車間的潔凈度符合要求。對于一切需要帶入食品無菌車間的儀器、器械、平皿等物品，都要經過嚴密包扎并經過適宜的方法滅菌之后才能帶入，而工作人員進入食品無菌車間前，必須要求用肥皂或消毒液洗手消毒，然后在緩沖間更換工作服、鞋、帽子、口罩和手套后才能進入進行操作。

    青島無菌室車間生產而成的供試品在檢查前，應保持外包裝完整，不得開啟，以防污染，而且在檢查前要用70%的酒精棉球消毒外表面。凡帶有活菌的物品必須經消毒并在水下沖洗，否則有可能會污染到青島無菌室車間的下水道。青島無菌室車間具備了空氣過濾、分配、優化、構造材料和裝置的房間，其中特定的規則的操作程序以控制空氣懸浮微粒濃度，從而達到適當的微粒潔凈度級別。無塵室是指將一定空間范圍內之空氣中的微粒子、有害空氣、細菌等之污染物排除，并將室內之溫度、潔凈度、室內壓力、氣流速度與氣流分布、噪音振動及照明、靜電控制在某一需求范圍內，而所給予特別設計之房間。無菌室一般是在微生物實驗室內專辟一個小房間。可以用板材和玻璃建造。面積不宜過大，約4—5平方米即可，高2.5米左右。無菌室外要設一個緩沖間，緩沖間的門和無菌室的門不要朝向同一方向，以免氣流帶進雜菌。無菌室和緩沖間都必須密閉。室內裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。